UTILITY_DICOM_NII_TO_CVAT

이 저장소는 DICOM(.dcm) 의료 영상과 NII.GZ(.nii.gz) 세그멘테이션 마스크 파일을 **CVAT(Computer Vision Annotation Tool)**에서 사용할 수 있는 Segmentation Mask 1.1 형식으로 변환하는 유틸리티 도구 모음입니다.

기능

1. 데이터 변환 (DCM_NII_to_CVAT.py):

   • 이미지 변환: .dcm 파일을 .jpg로 변환 (정규화 포함).
   • 마스크 변환: 여러 개의 .nii.gz 파일(C2, C3, T1...)을 하나의 RGB 컬러 마스크(.png)로 통합.
   • 포맷 지원: CVAT Segmentation Mask 1.1 구조 자동 생성 (JPEGImages, SegmentationClass, labelmap.txt, default.txt).

2. 데이터 뷰어 (NII_DCM_Viewer.py):

   • 원본 DICOM과 NII 마스크를 오버레이하여 시각적으로 검증.
   • MITK PlanarFigure(.pf) 파일 지원.

설치 방법

권장 환경: Python 3.10

# 가상환경 생성 (선택)
conda create -n dcm python=3.10
conda activate dcm

# 의존성 설치
pip install -r requirements.txt

사용 방법

1. 데이터 변환 (CVAT용)

python DCM_NII_to_CVAT.py

실행 후 생성된 cvat_dataset_mask_v2 폴더 내부의 파일들(JPEGImages, SegmentationClass, ImageSets, labelmap.txt)을 선택하여 ZIP으로 압축한 뒤, CVAT에서 Segmentation Mask 1.1 포맷으로 업로드하세요.

2. 데이터 뷰어

python NII_DCM_Viewer.py

파일 구조

• DCM_NII_to_CVAT.py: 변환 메인 스크립트
• NII_DCM_Viewer.py: 뷰어 스크립트
• requirements.txt: 필요 라이브러리 목록